GNU/Linux strane na blogu

     Veoma dugo koristim linux kao glavni operativni sistem na računaru. Cela priča krenula je početkom srednje škole, dakle krajem prošlog milenijuma. Tada nisam imao svoj računar, ali velika upornost i ljubav prema računarima me je držala da svaki slobodni trenutak provedem u računarskoj laboratoriji i da izučavam programske jezike, a veći deo džeparca trošim na literaturu iz hemije i programiranja. U osnovnoj školi nabavio sam Ei PECOM 64, mašinica iz sredine 1980tih, a te 1997. sam je dobio za dž, čak imam osećaj da sam je spasao od kontejnera. Radio je taj mali đavo, sa BASIC -om i prilično zanimljivim asemblerom za neobični CPU koji je imao mališa iz serije RCA 1802 klonova, inače procesora koji su bili u mnogim svemirskim probama NASA-e tokom 1980tih, otporan na elektromagnetni šok, čuveni EMP. Bez muke nema nauke, kada sam dobio pristup računarskoj laboratoriji 1999. odmah sam skočio na C, a bombardovanje sam proveo u kompajliranju i debagovanju, sve dok mi roditelji nisu zabranili da idem za vreme vazdušne opasnosti. Na jesen 2000. sam dobio računar, bila je to velika investicija za moje roditelje i neizmerno sam im zahvalan, taj događaj sam pre svega doživeo kao  veliko poverenje i priznanje. Od tada i kreće linux priča, prvo sam instalirao Mandrake, ako me sećanje služi bio je to Mandrake 8.0, kasnije sam isprobao mnoge linux distribucije, da bi od 2005. Slackware linux bio moj izbor i tako je i danas, svaki rad, svaki proračun ponosno radim na Slack -u.

Nova godina

Nedavno sam guglujući naleteo na članak sa sopstvenog bloga. Smešna okolnost da sam tražeći referencu došao u priliku da se pozovem na samoga sebe od pre par leta. Redovno posećujem kontrolnu tablu bloga, ali tek tračak entuzijazma me je držao tokom prošle godine da i napišem nešto. Analizirajući tih par članaka iz 2011. zaključio bih da mi je ta izuzetno angažovana godina proletela mahom u očajničkim pokušajima da pronađem posao u struci u Beogradu. I nisam uspeo, mada sam značajno unapredio i znanje i zvanje. Znam da će 2012. biti mnogo bolja, u zemlji ili inostranstvu istraživački put kojim sam krenuo ima veliki potencijal. Zaboravio sam da napomenem, verovatno važnu činjenicu, da sam tokom proteklih godina tražio mentalnu paralelu na emotivnom i profesionalnom planu. Veoma precizna definicija jednog vremenskog razdoblja, traženje paralela. Ako ništa drugo ne postigne, ovaj članak će me svakako nasmejati bar još par puta zbog paralela. Eh, trajala je ta potraga, ponekad dođem u priliku da se zapitam ko mi je ukrao leto, ili proleće dve hiljade i neke, zatim se setim detinjstva.

Par dana raspusta u naučnoistraživačkoj ustanovi u kojoj trenutno mućkam, proteklo je u znaku Saramagovog dela „Smrt i njeni hirovi“. Ima naznaka da će mi se knjiga dopasti. Na prvoj stranici, odmah nakon slikovite korice i zvučnog naslova, lepa posveta meni. Koleginice mi čestitaju nedavni uspeh, godina u staroj laboratoriji je krajem decembra zaokružena jednim radom.

Blog je tokom protekle godine dobio i nove autore. Bila je to velika ideja da se promeni koncept i da ovo mesto 2011. postane naučnopopularni portal, još jedan u nizu projekata popularizacije nauke u zemlji koja je u protekloj godini izgubila nadležno ministarstvo, a naučnike tretira kao nužno zlo i zaostavštinu nekih davnih vremena i davnih republika. I ništa se nije desilo, razumem koleginicu i kolegu autore, znam da je i njima godina koja je za nama bila izuzetno angažovana po pitanju posla.

I evo me, pišem, imam i audio podlogu, tek tiho kroz zid čujem komšijin radio prijemnik, emituje valjda neke zvuke njenog zavičaja u remiks verziji, dovoljno tih zvuk da srećom ne registrujem reči, ali opet dovoljno glasan zvuk da remeti uživanje u drugoj kafi od jutros i mentalnu pripremu za pisanje rada o neurotoksičnosti, a i uživanje u zvucima Radio Paradise -a, omiljenog mi online radija već više godina.

Voleo bih da mogu da obećam da ću biti aktivniji u blogosferi ove 2012. godine, a ideja je zaista mnogo, samo da se pojavi ta paralela kreativnosti i slobodnog vremena.

Dragi prijatelji,

želim da nam ova 2012. donese puno lepih trenutaka za pamćenje, da na svakom planu pronađemo neku paralelu sa onim čemu težimo, a da nikada ne prestanemo da se nadamo i tragamo za boljim i lepšim! Ljubi vas Metabolizam.

Errare humanum est (?!)

Gotovo u senci incidenta u Fukušimi ostaje i sećanje na četvrt veka od Černobiljske katastrofe. Veoma potresna uspomena na tih 25 godina od tragedije je zabeležena u reportaži Greenpeace -a koja je snimljena tokom nezavisne ekspedicije organizacije. Više informacija možete pronaći u članku na sledećoj adresi: http://www.greenpeace.org/international/en/multimedia/videos/Fallout—25-years-after-Chernobyl-Photoessay-by-Robert-Knoth/

Isus i domaći astronauti na Golgoti

Nedavno sam pogledao stari dokumentarac In Search of Ancient Astronauts, tematika je naravno jasna iz naslova; popularistički, loše koncipiran, oko 1h izgubljenog vremena za strpljive ili oko 30 min. za ljude poput mene koji cene FF dugme na plejeru. Može se pogledati online na adresi http://www.watch-documentaries.com/in-search-of-ancient-astronauts.

U pomenutom filmu navodi se i čuvena freska Raspeće iz našeg manastira Visoki Dečani, naslikana negde oko 1350. godine. Freska je inače prava ikona UFOologa, posebno američkih, još od kraja 19. veka kada taj oblik misticizma postaje sve popularniji zahvaljujući medijima. Na pomenutoj fresci zaista se nalaze dva veoma zaimljiva objekta na nebu koja se očigledno veoma brzo kreću, aerodinamični su i po svemu sudeći njima upravljaju ljudi… Očigledno je da je začetak duha humanizma i renesanse počeo da hvata zalet i na ovim prostorima što pokazuje i genije koji je koncipirao aerodinamične letelice na slici, ta davinčijevska ideja dolazećeg veka prosvećenosti koji će kontinent izvući iz mraka dogme, da će ljudi jednoga dana mašinama osvojiti nebo i krenuti put zvezda… ali kao i sve dobre stvari na ovim prostorima i humanistički duh je ubijen na vreme… dobro, nije zbog mentaliteta nego zahvaljujući Turcima, eto izgovora…

Ne mogu a da ne dodam da se iskreno čudim kako je jedan detalj iz lošeg dokumentarnog filma uspeo da u toj meri privuče moju pažnju. Možda je to i u izvesnom smislu empatija, jer sam u mašti razvio priču o geniju sa ovih prostora koji je zaista dobio loše karte i rodio se u veku kada je jedini način da ostavi neki trag o svom postojanju bio da naslika neobične detalje na fresci.

Poreklo HIV-a

Prošlo je gotovo trideset godina od prvih zvanično potvrđenih slučajeva AIDS-a, bolesti koja je pored globalne epidemije pokrenula i globalnu raspravu o osetljivim sociološkim temama, pre svih o seksualnosti i narkomaniji. Bolest koja je već na samom početku tih ranih osamdesetih godina dvadesetog veka stavila na test etiku u društvima koja su sebe smatrala demokratskim i otvorenim.

Verovatno je svima već poznato da je AIDS bolest koja je najčešće povezana sa infekcijom HIV-om. U ovom članku neću opisivati simptome viremije, niti antiretroviralnu terapiju. Internet je pun najrazličitijih informacija o infekciji HIV-om i uopšte o AIDS-u. U članku će biti reči o istoriji HIV-a, o njegovom putu od atipične i retke zoonoze, preko retke i lokalizovane humane infekcije, pa sve do veoma virulentne bolesti koja već tri decenije ima status epidemije i prema modernim bioinformatičkim kalkulacijama trajaće oko 35 000 godina da bi tokom tog perioda izgubila virulentni potencijal i ostala u humanom genomu kao trajni evolucioni ožiljak razvoja naše vrste u vidu novog retrotransponsona u humanom genomu.

Prvi susret

Zahvaljujući napretku molekularne genetike, ali i činjenici da se novi vurus pojavio u vreme kada je medicina već bila moderna nauka i kada je uzimanje uzoraka tkiva od pacijenata koji su oboleli od nedefinisanih bolesti postalo praksa, bar na razvijenom zapadu, mi danas možemo da rekonstruišemo razvoj virusa sve do vremena kada je bio ograničen na malu populaciju čovekolikih majmuna u džunglama Centralne Afrike.

SEM mikrografija kompjuterski obojena pokazuje HIV-1 virus kako napada limfocit iz cirkulacije. Virus je obojen zelenom bojom

Izvesno je da se HIV pojavio u džunglama Subsaharske Afrike u populaciji nehumanih primata, a na humanu populaciju je prešao tokom kasnog 19. ili početkom 20. veka. Dva virusa inficiraju čoveka i imaju potencijal da uzrokuju AIDS, obeleženi su kao HIV-1 i HIV-2. Oba pomenuta tipa imaju dosta podtipova, koji se razlikuju na molekulskom nivou i u virulentnosti, potom u otpornosti na antiretroviralnu terapiju. HIV-1 je virulentniji i neki njegovi podtipovi su odgovorni za globalnu epidemiju. HIV-2 kao i neki podtipovi HIV-1 su uglavnom geografski lokalizovani na teritoriji Centralne i Jugozapadne Afrike, sa veoma malom akcidencom u ostalim delovima sveta.

Pandemijski soj HIV-1 je usko povezan sa virusom koji je izolovan iz jedne populacije šimpanzi, podvrste Pan troglodytes troglodytes koja nastanjuje šume Centralne Afrike, teritorije koje pripadaju Kamerunu, Ekvatorijalnoj Gvineju, Gabonu, Republici Kongo i Centralnoafričkoj republici. Sa druge strane, HIV-2 se znatno teže prenosi sa čoveka na čoveka i prevashodno je vezan za teritoriju Zapadne Afrike, a dokazano je da je usko povezan sa virusom koji cirkuliše u populaciji čađavog mangabi majmuna, podvrsta Cercocebus atys atys, majmuna „Starog Sveta“ koji se može naći u Senegalu, Gvineja-Bisau, Gvineji, Sijera Leoneu, Liberiji i na zapadu Obale Slonovače.

Fric Haber i moderno hemijsko oružje

Gotovo stogodišnja vremenska distanca ne daje ništa jasniju sliku o istorijskim detaljima početka Prvog svetskog rata. Čini se da su sve zavađene strane u rat ušle sa veoma velikim očekivanjima, detinje naivno, kao da je rat bezazlena partija monopola. Večita težnja Nemačke za stvaranjem evropske imperije sačinjene od Istočnog i Zapadnog carstva, oko Velike Britanije prema nemačkim posedima u Subsaharskoj Africi, poljuljana Francuska dominacija u zemljama Magreba usled jačanja nemačkog uticaja u Africi, ekspanzija Nemačke hemijske industrije i  na posletku rađanje jugoslovenske ideje i poljuljani međunarodni kredibilitet Rusije nakon poraza u Rusko-japanskom ratu. U takvim međunarodnim okolnostima „disciplinska ekspedicija“ Austro-Ugarske prema Kraljevini Srbiji iz 1914. je bila očekivana inicijalna kapisla za sukob svetskih razmera. Rat je bio neminovnost u tadašnjem svetu, počelo je vreme smrti.

Kada je rat izbio u leto 1914. nemačka vrhovna komanda je bila ubeđena u brzu i laku pobedu, bar kada je u pitanju proboj na istok. Međutim, već prve bitke u ratu su bile ledeni tuš za ego imperije, nastali su frontovi i između neprijatelja prostor „ničije zemlje“ koji je polako postao konstantna linija, vatrena granica. U takvim okolnostima veliki hemičar Fric Haber ponudio je domovini rešenje za brzu i čistu pobedu.

Od zelenog puža do genske terapije

Zeleni morski puž golać Elysia chlorotica liči na list, a baš kao i biljke može autotrofno da se ishranjuje, tj. da koristi sunčevu svetlost za stvaranje hrane u procesu fotosinteze. Istraživači iz SAD-a otkrili su da ovaj puž fotosintetiše koristeći sunčevu svetlost za prevođenje ugljen-dioksida u šećere. Za ovaj proces puževi koriste hloroplaste iz algi kojima se hrane, što je poznato kao kleptoplastija. E. chlorotica živi u subcelularnoj endosimbiozi sa hloroplastima morskih algi vrste Vaucheria litorea.

Odrasle jedinke puževa su obično zelene boje zbog prisustva hloroplasta iz algi. Mladi puževi su braon boje sa crvenim pigmentnim tačkama dok ne počnu da se hrane algama, kada dobijaju zelenu boju. Određene ćelije zidova digestivnih kanalića puževa mogu da preuzmu hloroplaste iz algi i da ih čuvaju veoma dugo. Nađeno je da hloroplasti unutar ovih ćelija mogu da „prežive“ oko devet do deset meseci, što predstavlja skoro kompletan životni vek puža, čime mu je obezbeđena sva energija koja mu je potrebna. Drugim rečima, kada se najede dovoljno algi, posle ceo život ne mora da se hrani, već može da kompletira ceo životni ciklus, uključujući i reprodukciju, samo na fotosintezi. Biološki značaj ovog fenomena je taj što u vremenskim periodima kada alge nisu dostupne kao izvor hrane E. chlorotica može mesecima da preživi zahvaljujući alginim hloroplastima.

E. chlorotica ne može da sintetiše sopstvene hloroplaste, ali činjenica da hloroplaste preuzete od V. litorea može održati funkcionalnim ukazuje na to da ovaj puž poseduje gene unutar sopstvenog genoma koji podržavaju fotosintezu. Ovi geni su najverovatnije dospeli u genom puža horizontalnim transferom. Hloroplastna DNK kodira samo za oko 10% proteina neophodnih za fotosintezu, pa su naučnici u genomu puža tragali za genima koij bi omogućili održavanje hloroplasta i fotosintezu. U DNK puža pronađen je vitalni gen algi, psbO (nuklearni gen koji kodira za protein koji stabilizuje mangan unutar kompleksa fotositema II) koji je identičan algalnoj verziji gena. Kako je ovaj gen prisutan u jajima i polnim ćelijama E. chlorotica-e, zaključeno je da je dospeo u genom putem horizontalnog transfera gena.

Kasnije je pronađeno još oko petnaestak algalnih gena u genomu puža, a očekuje se da ih ima još. Treba napomenuti da je horizontalni transfer gena uobičajen u jednoćelijskim organizmima, ali sa ovim pužem prvi put je opisan u višećelijskom organizmu. Nije još jasno na koji način su se algalni geni ugradili u genom puža, ali proučavanje i otkrivanje mehanizma ugradnje moglo bi dovesti do pomaka u genskoj terapiji i genetskom inžinjerstvu. U genskoj terapiji želimo funkcionalan gen iz jednog organizma uneti u drugi, u cilju lečenja genetskih bolesti. Mada se ona koristi u terapiji nekih kancera i drugih oboljenja, postoje brojni problemi koji ometaju njen uspeh u izlečenju, a ovi puževi će nam možda pokazati kako se to radi i time pomoći da se prevaziđu odgovarajući problemi.

Mehanizam bi mogao biti značajan i u evolutinim istraživanjima; pomoću njega bi biolozi mogli pokazati kako su određeni geni dospeli u neke vrste.

Veličina je bitna

Kako su nekada pravili odlične filmove…

Zauvek pas

Članak preuzet sa http://www.rts.rs/page/stories/sr/story/10/Svet/753582/Pola+veka+od+leta+Belke+i+Strelke.html

Pola veka od leta Belke i Strelke

Pre 50 godina prva živa bića, psi Belka i Strelka, odleteli su u svemir, a zatim se vratili na Zemlju živi i zdravi. Psi su postali veoma popularni u Sovjetskom Savezu posle obavljene misije, pa su često bili gosti dece u vrtićima i školama.

Rusija je danas obeležila 50. godišnjicu svemirskog leta dva psa, Belke i Strelke, prvih živih bića koja su u svemirskoj kapsuli obletela oko Zemlje i vratila se živa.

Svemirski psi Belka i Strelka

Na dan 19. avgusta 1960. godine, mešanci Belka i Strelka lansirani su u misiju koja je predstavljala odlučujući korak u pripremi leta Jurija Gagarina, čoveka koji je 12. aprila 1961. prvi leteo u svemir.

Belka i Strelka su poletele posle Lajke, prvog psa lansiranog u orbitu oko Zemlje 3. novembra 1957, ali u kapsuli koja nije mogla da se vrati i koja je izgorela u atmosferi u aprilu 1958. godine.

Lajki, koja je imala dve godine kada je poslata u svemir, kasnije je postavljen spomenik, kao prvom živom biću koje je letelo u kosmos.

Uz Belku i Strelku, u svemir su poslati i miševi, pacovi, muve, neke biljke i gljive. Ta kapsula se na Zemlju spustila bezbedno, posle 17 obilazka oko zemljine orbite i pređenih 700.000 kilometara.

Po povratku iz kosmosa psi su postali veoma popularni u Sovjetskom Savezu, posle čega su često gostovali u vrtićima, školama i domovima za nezbrinutu decu.

Belka i Strelka na konferenciji za štampu

Strelka je kasnije okucila šest štenaca od kojih je jedno, Pušok, sovjetski lider Nikita Hruščov poslao na poklon ženi američkog predsednika Džona Kenedija, Žaklini.

Ranije ove godine o prvim, ali ne i jedinim psima koji su se vratili iz svemira, u Rusiji je snimljen animirani film u 3-de tehnici „Belka i Strelka: zvezdani psi“.

U periodu između 1951. i 1960. godine Sovjetski Savez je 29 puta slao pse u kosmos, u devet slučajeva psi se nisu vratili na Zemlju.

Priča o malom kaktusu

Malo vode, minerala i dosta sunca. Jednostavnost koja odlikuje bodljikavog stvora. Ova priča počinje osmog marta 2003. godine kada sam dilemu oko izbora prikladnog rođendanskog poklona konačno rešio tako što je lenčuga u meni odlučila da se ne cima do Mamuta, ili Platoa u potrazi za delima Viljema Gibsona, koga sam samo tih par godina gotivio iz još uvek neobjašnjivih razloga, ili SF legendi Kliforda Simaka, Artura Klarka i Isaka Asimova, već naprotiv da kupim neku biljčicu odmah tu negde u kraju. To je bio prilično jednostavan posao, budući da se rođendan moje prijateljice fantastično poklapa sa danom žena, omiljenim nam praznikom iz osnovnoškolskih dana. Pretpostavka je bila da sa kaktusom ne mogu da promašim. Jednostavno kaktusi su svima slatki! Mali, bodljikavi, kožasti, rascvetani specijalno za dan žena (al’ su tu radili biljni hormoni). I kupim ja kaktus. U zanosu oduševljenja, valjda zato što sam rešio „problem“, na izlazu iz prodavnice sam se spotakao i mala saksija sa bebom kaktusom je laserski navođeno izletela iz mojih ruku i ubrzanjem od nekoliko g, jer u takvim trenucima i Marfi kaže da je gravitacija specijano za tu priliku povećana, udarila o pod rasuvši sadržaj na sve strane. Bilo mi je neviđeno žao, pokupio sam sve i ubacio u kesu, ipak sam pokušao da budem racionalan, okrenuo sam se i kupio novi kaktus. To veče sam drugarici poklonio mali kaktus br. 2 i jednu knjižicu. Mali kaktus br. 1 je čekao u sobi, mogao je da završi u kanti, međutim to nije moj stil. Svaki život je dragocen – sećam se da su mi te reči tada stalno bile u mislima. Odlučio sam da nabavim novu saksiju, pronašao sam pesak i zemlju u dvorištu iza zgrade u kojoj sam tada stanovao i mališa br. 1 je dobio novi dom. Neko vreme je bio u mojoj sobi, negde do juna te 2003, a onda je autoputem E75 prešao nekih 200 km sa mnom do svog konačnog odredišta.

Prošlo je ovih nekoliko burnih godina od tada. U međuvremenu sam veoma retko odlazio kući, ali gotovo svakog leta mališa br. 1 me je oduševljavao, pre svega istrajnošću i životnom silom koja iz njega isijava. I to je ta pričica o jednom kaktusu… mnogi događaji iz našeg zajedničkog života su izostavljeni, s razlogom naravno. Neke uspomene moraju da ostanu tajna